A Justiça Militar, por enquanto, só julga os crimes militares definidos em lei (digo "por enquanto" porque já há Projeto de Lei no Congresso visando alterar a competência da mesma). A Justiça Militar da União difere um pouco da Justiça Militar dos Estados, apesar de utilizarem o mesmo Código Penal Militar e Código de Processo Penal Militar.
A Justiça Militar da União julga militares e civis, enquanto que a Justiça Militar dos Estados julga apenas militares. Por isso, se um civil matar soldado do Exército para roubar o fuzil, poderá ser julgado pela JMU, mas se matar policial militar para roubar a arma usada no serviço, será julgado pela Justiça comum.
Na JMU considera-se "militar" o integrante das Forças Armadas (Exército, Marinha e Aeronáutica), enquanto que na JME "militar" é o policial militar e o bombeiro militar, também chamados de "militares estaduais". Assim, para a Justiça Militar da União, o policial militar é considerado civil; pode até ser processado e julgado, mas como se fosse um civil.
Em primeiro grau, o julgamento cabe aos Conselhos de Justiça (Especial e Permanente), que funcionam nas Auditorias Militares. O Conselho Especial de Justiça julga oficiais acusados de crimes militares (exceto Generais, que são julgados originariamente pelo STM), enquanto que o Conselho Permanente de Justiça julga Praças e civis (estes últimos, apenas na Justiça Militar da União). Estes Conselhos são formados pela união de juízes civis e militares - escabinato, ou escabinado. Na JMU os juízes civis são chamados de juízes-auditores. A justificativa para o escabinato é o equilíbrio formado pela união da experiência da caserna dos juízes militares (sempre mais antigos que o acusado) com o conhecimento técnico do juiz togado; entretanto este "equilíbrio" é um tanto desigual, porque, na JMU, o Conselho é formado por quatro juízes militares e um juiz-auditor!
Na JMU existem 12 Circunscrições Judiciárias espalhadas pelo Brasil, e o 2º grau de jurisdição é exercido pelo Superior Tribunal Militar (STM), composto de 15 Ministros entre integrantes do Exército, da Marinha, da Aeronáutica e civis. Mais uma vez, a desproporção: 10 Ministros são militares e apenas 5 são civis, sendo que dos militares não é exigido nem mesmo que sejam bacharéis em Direito, o que faz a visão militar imperar sobre a visão jurídica, nos casos julgados.
Na JME o 2º grau de jurisdição é exercido pelo Tribunal de Justiça Militar, nos Estados de SP, MG e RS. Nos demais Estados, enquanto não forem criados Tribunais Militares, o órgão de 2º grau será o Tribunal de Justiça. Cada Estado organiza sua Justiça Militar: no Rio Grande do Sul, por exemplo, existem duas Auditorias em Porto Alegre, uma em Passo Fundo e uma em Santa Maria, e um dos órgãos de 1º grau é o Conselho de Justiça na Organização Militar, responsável por julgar deserção de praças, e que não existe na JMU desde 1991.